أسس مسجد الخور الذي يقع بجوار قصر العلم بمسقط جنوباً، وقلعة الميراني التاريخية شرقاً، وباب المثاعيب شمالاً، وبيت الجزيرة غرباً. في عهد السيد هلال بن أحمد بن سيف البوسعيدي، وجدد بناؤه في عهد السيد ثويني بن سعيد بن سلطان آل سعيد، وبني بالجص والحجارة، وخشب الكندل المستورد من أفريقيا، ومادة الجص كانت تستعمل حتى عشرات السنين في البناء التقليدي في عمان، الأمر الذي يشهد دون أيما شك على خبرة جصاصي عمان المهرة وبراعتهم في ترويض الجص وفن نقشه، وقد تم إعادة بناء مسجد الخور على النفقة السامية لجلالة السلطان قابوس بن سعيد المعظم – حفظه الله ورعاه – في العام 1395هـ الموافق 7519 – 1976م وتم افتتاحه بتاريخ 28من صفر 1400 هــ الموافق 16 من يناير1980.

وسمي بمسجد الخور لكونه يقع في منطقة خور حارة المثاعيب والتي كانت هي وحارات عديدة آهلة بالسكان داخل سور مسقط المكون من أربعة أبواب: ( باب المثاعيب، والباب الكبير، والباب الصغير، وباب حارة ولجات).

وكلمة الخور معناها: مجرى دخول الماء من وإلى البحر أثناء عمليتي المد والجزر، ولهذا سمي المسجد على اسم الخور. وكان يسمى قديماً مسجد الشهداء، -بحسب دليل الجوامع السلطانية- وذلك في عهد الإمام سلطان بن سيف بن مالك اليعربي، المتوفى سنة 1091هــ الموافق 1680م والذي بويع إماماً سنة 1050هـ بعد وفاة الإمام ناصر ابن مرشد بن مالك اليعربي – رضي الله عنه – وسبب التسمية بمسجد الشهداء أنه لما حاصر الإمام سلطان بن سيف البرتغاليين بمسقط، وكانوا قد تحصنوا بالكوت الشرقي والغربي، فكانت بينهم وبينه معارك عظيمة كان النصر فيها حليف الإمام سلطان، وقتل من العمانيين الأبطال أثناء محاصرتهم للكوتين خمسة عشر رجلاً، وصلي عليهم في مسجد الخور، ومنذ ذلك اليوم صار يعرف بمسجد الشهداء، ولم يكتف الإمام اليعربي بإجلاء البرتغاليين من عمان فحسب، بل أجلاهم من الخليج ككل، ثم هاجم مراكز البرتغاليين قي بلاد الهند، وسواحل أفريقية وحاصر ممباسة وبومبي.

وقد روعي في بناء مسجد الخور الطراز المعماري الإسلامي والزخارف والنقوش الإسلامية الرائعة وكتابة آيات من القرآن الكريم بمختلف أرجاء هذا المسجد التاريخي الكبير، ودونت على سقفه أسماء الله الحسنى، وللمسجد منارة شامخة جميلة، وبه محراب رائع مكسو بالفسيفساء غني بالزخارف والنقوش الإسلامية الدقيقة وقد كتبت عليه بعض آيات من القرآن الكريم بالإضافة إلى تجهيزات الإضاءة الداخلية والخارجية.